QuarkXPress käsittelee asetusten muutokset seuraavasti:

• Jos teet muutoksia sovellusasetuksiin Asetukset-valintaikkunassa (QuarkXPress/Muokkaa-valikko), oli projekteja avoinna tai ei, muutokset tallentuvat asetustiedostoihin ja vaikuttavat heti kaikkiin avoinna oleviin projekteihin ja vastedes avattaviin projekteihin.
• Jos teet muutoksia XTensions Manager -sovelluksen asetuksiin (Apuvälineet-valikko), oli projekteja avoinna tai ei, muutokset tallentuvat asetustiedostoihin ja vaikuttavat kaikkiin projekteihin QuarkXPressin uudelleenkäynnistyksen jälkeen.
• Jos teet muutoksia PPD Manager -sovelluksen asetuksiin (Apuvälineet-valikko), oli projekteja avoinna tai ei, muutokset tallentuvat asetustiedostoihin ja vaikuttavat heti kaikkiin avoimiin projekteihin ja kaikkiin vastedes avattaviin projekteihin.
• Jos teet muutoksia taittoasetuksiin Asetukset-valintaikkunassa (QuarkXPress/Muokkaa-valikko), ja jokin projekti on avoinna, muutokset tallentuvat vain aktiiviseen projektiin.
• Jos valitset toisen apusanaston projektin ollessa avoinna, muutos tallentuu vain aktiiviseen projektiin.
• Jos teet uudessa projektissa muutoksia merkkiarvotaulukon tietoihin, merkkitiheystaulukon tietoihin ja poikkeussanastoihin, muutokset tallentuvat aktiiviseen projektiin ja asetustiedostoihin.

Jos projektia avattaessa näkyviin tulee Asetusristiriita-varoitus ja napsautat Käytä XPress Preferences -oletuksia, merkkiarvotaulukon tietoihin, merkkitiheystaulukon tietoihin ja poikkeussanastoihin tehdyt muutokset tallentuvat sekä projektiin että asetustiedostoihin.