Endringer i QuarkXPress-innstillinger håndteres på følgende måter:

• Hvis du endrer programinnstillingene i dialogboksen Innstillinger (QuarkXPress menyen Rediger) med eller uten åpne prosjekter, lagres endringene i innstillingsfilen, og påvirker øyeblikkelig alle åpne og påfølgende prosjekter.
• Hvis du gjør endringer i innstillingene for XTensions Manager (menyen Annet) med eller uten åpne prosjekter, lagres endringene i innstillingsfilen, og påvirker alle prosjekter etter at du starter QuarkXPress på nytt.
• Hvis du endrer innstillingene for PPD Manager (menyen Annet) med eller uten åpne prosjekter, lagres endringene i innstillingsfilen, og påvirker øyeblikkelig alle åpne og påfølgende prosjekter.
• Hvis du gjør endringer i layoutinnstillinger i dialogboksen Innstillinger (QuarkXPress menyen Rediger) mens et prosjekt er åpent, vil endringene bare bli arkivert med det aktive prosjektet.
• Hvis du velger en annen tilleggsordliste mens et prosjekt er åpent, lagres endringene bare med det aktive prosjektet.
• Hvis du endrer informasjonen for kerningtabell, knipetabell og orddelingsunntak i et nytt prosjekt, lagres disse endringene med det aktive prosjektet og i innstillingsfilen.

Hvis meldingen Ikke-samsvarende innstillinger vises når du åpner et prosjekt og klikker på Bruk XPress-innstillinger, lagres eventuelle endringer i informasjonen for kerningtabell, knipetabell og orddelingsunntak både i prosjektet og i innstillingsfilen.