Warstwa programu QuarkXPress przypomina przezroczystą nakładkę, która zakrywa wszystkie strony layoutu. Na warstwie można umieścić praktycznie dowolny element, włącznie z ramkami graficznymi i tekstowymi, liniami, tabelami, obiektami interaktywnymi i innymi rodzajami elementów w programie QuarkXPress.

Warstwy mogą być przydatne na wiele różnych sposobów:

• Na poszczególnych warstwach można umieścić różne tłumaczenia dokumentu, zapisując w ten sposób wszystkie wersje językowe dokumentu w tym samym layoucie. Podczas drukowania layoutu można ukryć wszystkie warstwy z wyjątkiem tej, która zawiera żądany język.
• Na poszczególnych warstwach można umieścić różne wersje projektu, co ułatwia przełączanie między wariantami tego samego projektu podczas przedstawiania go klientowi.
• Za pomocą blokady warstw można zapobiec przypadkowym zmianom warstw zawierających elementy strony, które nie powinny być modyfikowane. Na przykład w przypadku druku na papierze z wstępnie nadrukowanymi nagłówkami i tłem można umieścić te nagłówki i grafikę tła na warstwie, aby sprawdzić wygląd gotowego wydruku, a następnie zablokować tę warstwę i pominąć ją podczas drukowania.

Koncepcja warstw może być znajoma osobom, które korzystały już z aplikacji do edycji obrazów, takich jak Adobe Photoshop. Jednak w przypadku layoutów programu QuarkXPress warstwy cechują się pewnymi implikacjami, które nie występują podczas edycji obrazów:

• Nawet jeśli wyświetlana jest górna warstwa, można „przekliknąć” poprzez puste obszary tej warstwy i zaznaczyć elementy na podległych warstwach bez konieczności ręcznej zmiany aktywnej warstwy.
• Każda warstwa istnieje na wszystkich stronach layoutu programu QuarkXPress, tzn. warstwy nie są specyficzne dla strony lub rozkładówki. Ułatwia to kontrolowanie wyglądu poszczególnych stron w długim layoucie.
• Tekst na tylnej warstwie może otaczać obiekty na górnej warstwie.