Elementy sterujące w panelach Program okna dialogowego Preferencje (QuarkXPress/Edycja > Preferencje) wpływają na sposób obsługi wszystkich projektów przez program QuarkXPress, włącznie ze sposobem wyświetlania i zapisywania projektów. Ustawienia te są zawsze zapisywane wraz z aplikacją, a nie w projektach.

• Preferencje — Program — Wyświetl
• Preferencje — Program — Ustawienia wejścia
• Preferencje — Program — Odszukaj znak w innym foncie
• Preferencje — Program — Cofnij
• Preferencje — Program — Otwieranie i zapisywanie
• Preferencje — Program — Menedżer modułów XTensions
• Preferencje — Program — Udostępnianie
• Preferencje — Program — Fonty
• Preferencje — Program — Lista plików
• Preferencje — Program — Ścieżka domyślna
• Preferencje — Program — EPS
• Preferencje — Program — Podgląd w pełnej rozdzielczości
• Preferencje — Program — Przeglądarki
• Preferencje — Program — Indeks
• Preferencje — Program — Elementy Job Jacket
• Preferencje — Program — PDF
• Preferencje — Program — PSD Import
• Preferencje — Program — Obiekty zastępcze
• Preferencje — Program — Sprawdzanie pisowni
• Preferencje — Program — Ułamek/Cena
• Preferencje — Program — Efekty obrazu