Opcja Preferencje (menu QuarkXPress/Edycja) powoduje wyświetlenie okna dialogowego Preferencje. Okno dialogowe Preferencje zawiera wiele paneli, które umożliwiają określenie ustawień domyślnych dla różnych funkcji programu QuarkXPress. Aby wyświetlić panel, należy kliknąć jego nazwę na liście po lewej stronie. Istnieją trzy typy preferencji:

• Preferencje aplikacji odnoszą się do programu QuarkXPress i wpływają na sposób obsługi wszystkich projektów.
• Preferencje projektu wpływają na wszystkie layouty w aktywnym projekcie. Jeśli jednak preferencje projektu zostaną zmienione, kiedy żaden projekt nie jest otwarty, nowe preferencje staną się ustawieniami domyślnymi dla wszystkich nowych projektów.
• Preferencje layoutu wpływają tylko na aktywny layout. Jeśli jednak preferencje layoutu zostaną zmienione, kiedy żaden projekt nie jest otwarty, nowe preferencje staną się ustawieniami domyślnymi dla wszystkich nowych layoutów.

W podmenu Preferencje mogą zostać wyświetlone dodatkowe panele i opcje, kiedy załadowane są pewne moduły XTensions.

• Ostrzeżenie Niezgodne preferencje
• Zmiany w preferencjach programu QuarkXPress
• Zawartość plików preferencji