Ostrzeżenie Niezgodne preferencje jest wyświetlane po otwarciu projektu, który został zapisany z informacjami tabeli kerningu, informacjami tablicy światła między znakami i wyjątkami dzielenia wyrazów, które różnią się od ustawień zawartych w aktualnych plikach preferencji. Istnieje możliwość wybrania ustawień projektu lub ustawień w pliku preferencji.

• Kliknięcie opcji Użyj preferencji XPress spowoduje zignorowanie preferencji zapisanych w projekcie i użycie ustawień z plików preferencji dla wszystkich layoutów. Może to spowodować zmianę przepływu tekstu ze względu na różnice w automatycznym kerningu, informacjach o świetle lub wyjątkach dzielenia wyrazów. Zmiany dokonane w tych ustawieniach, kiedy projekt jest aktywny, zostają zapisane zarówno w projekcie, jak i w plikach preferencji. Zaletą opcji Użyj preferencji XPress jest to, że projekt będzie oparty na tych samych informacjach tabeli kerningu, informacjach tablicy światła między znakami i wyjątkach dzielenia wyrazów co inne projekty użytkownika.
• Kliknięcie opcji Zachowaj ustawienia dokumentu spowoduje zachowanie preferencji, które zostały wcześniej określone dla każdego layoutu. Nie nastąpi zmiana przepływu tekstu. Zmiany automatycznego kerningu, światła między znakami i wyjątkach dzielenia wyrazów, kiedy ten projekt jest aktywny, zostaną zapisane tylko w tym projekcie. Opcja Zachowaj ustawienia dokumentu jest przydatna, kiedy użytkownik chce otworzyć i wydrukować layout bez ryzyka zmiany przepływu tekstu.