Zmiany w preferencjach programu QuarkXPress są obsługiwane w następujący sposób:

• Jeśli zmiany zostaną dokonane w preferencjach aplikacji w oknie dialogowym Preferencje (menu QuarkXPress/Edycja), zarówno przy otwartych projektach, jak i bez nich, zmiany te zostaną zapisane w plikach preferencji i natychmiast wpłyną na wszystkie otwarte projekty oraz projekty, które będą otwierane od tej chwili.
• Jeśli zmiany zostaną dokonane w ustawieniach Menedżer modułów XTensions (menu Narzędzia), zarówno przy otwartych projektach, jak i bez nich, zmiany te zostaną zapisane w plikach preferencji i wpłyną na wszystkie projekty po ponownym uruchomieniu programu QuarkXPress.
• Jeśli zmiany zostaną dokonane w ustawieniach Menedżer plików PPD (menu Narzędzia), zarówno przy otwartych projektach, jak i bez nich, zmiany te zostaną zapisane w plikach preferencji i natychmiast wpłyną na wszystkie otwarte projekty oraz projekty, które będą otwierane od tej chwili.
• Jeśli zmiany zostaną dokonane w preferencjach layoutu w oknie dialogowym Preferencje (menu QuarkXPress/Edycja) przy otwartym projekcie, zmiany te zostaną zapisane tylko w aktywnym projekcie.
• Jeśli zostanie wybrany inny słownik pomocniczy przy otwartym projekcie, zmiana ta zostanie zapisana tylko w aktywnym projekcie.
• Jeśli zmiany zostaną dokonane w informacjach tabeli kerningu, informacjach tablicy światła między znakami i wyjątkach dzielenia wyrazów w nowym projekcie, zmiany te zostaną zapisane w aktywnym projekcie i plikach preferencji.

Jeśli po otwarciu projektu zostanie wyświetlone ostrzeżenie Niezgodne preferencje i użytkownik kliknie opcję Użyj preferencji XPress, zmiany dokonane w informacjach tabeli kerningu, informacjach tablicy światła między znakami i wyjątkach dzielenia wyrazów zostaną zapisane zarówno w tym projekcie, jak i w plikach preferencji.