As alterações às preferências do QuarkXPress são tratadas dos seguintes modos:

• Se efectuar alterações nas preferências da aplicação, na caixa de diálogo Preferências (menu QuarkXPress/Editar), com ou sem projectos abertos, as alterações são guardadas nos ficheiros de preferências e terão efeito imediato em todos os projectos abertos e abertos posteriormente.
• Se efectuar alterações nas definições do Gestor XTensions (menu Utilitários), com ou sem projectos abertos, as alterações são guardadas nos ficheiros de preferências e terão efeito em todos os projectos após a reinicialização do QuarkXPress.
• Se efectuar alterações nas definições do Gestor de PPD (menu Utilitários), com ou sem projectos abertos, as alterações são guardadas nos ficheiros de preferências e terão efeito imediato em todos os projectos abertos e abertos posteriormente.
• Se efectuar alterações nas preferências de uma apresentação, na caixa de diálogo Preferências (menu QuarkXPress/Editar), com um projecto aberto, as alterações são guardadas apenas com o projecto activo.
• Se seleccionar um dicionário auxiliar diferente, com um projecto aberto, a alteração é guardada apenas com o projecto activo.
• Se efectuar alterações nas informações da tabela de ajustamento ao par, informações da tabela de ajustamento e excepções de hifenização, num projecto novo, essas alterações são guardadas com o projecto activo e nos ficheiros de preferências.

Se for apresentado o alerta Preferências sem Correspondência quando abrir um projecto e clicar em Usar Preferências do XPress, as alterações realizadas nas informações da tabela de ajustamento ao par, informações da tabela de ajustamento e excepções de hifenização serão guardadas com esse projecto e nos ficheiros de preferências.