Os controlos dos painéis Aplicação da caixa de diálogo Preferências (QuarkXPress/Editar > Preferências) afectam a forma como o QuarkXPress trabalha com todos os projectos, incluindo a forma como os projectos são apresentados e guardados. Estas definições são guardadas com a aplicação e nunca com os projectos.

• Preferências — Aplicação — Visualizar
• Preferências — Aplicação — Especificações de Entrada
• Preferências — Aplicação — Reposição de Tipos
• Preferências — Aplicação — Desfazer
• Preferências — Aplicação — Abrir e Guardar
• Preferências — Aplicação — Gestor XTensions
• Preferências — Aplicação — Partilha
• Preferências — Aplicação — Tipos
• Preferências — Aplicação — Lista de Ficheiros
• Preferências — Aplicação — Percurso Padrão
• Preferências — Aplicação — EPS
• Preferências — Aplicação — Pré-visualização em Resolução Total
• Preferências — Aplicação — Browsers
• Preferências — Aplicação — Índice
• Preferências — Aplicação — Job Jackets
• Preferências — Aplicação — PDF
• Preferências — Aplicação — PSD Import
• Preferências — Aplicação — Marcadores de Posição
• Preferências — Aplicação — Verificar Ortografia
• Preferências — Aplicação — Fracção/Preço
• Preferências — Aplicação — Efeitos de Imagem